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Auslöser der Hausstauballergie sind bestimmte Eiweißstoffe im Kot der Milben. Der ausgeschiedene Milbenkot reichert sich auf der Matratze an, trocknet, zerfällt und vermischt sich bei jeder Drehung im Schlaf oder durch Aufschütteln der Bettdecken und Kissen schließlich mit dem Hausstaub und wird so auf Böden, Sofas und Vorhängen in der ganzen Wohnung verteilt. Durch Verwirbelungen gelangt der getrocknete Milbenkot kurzzeitig in die Raumluft, kann sich auf den Schleimhäuten in Auge, Nase und Lunge ablagern und die beschriebenen Überempfindlichkeitsreaktionen auslösen.

Bei einer Hausstauballergie erfolgt eine schnelle (innerhalb von Sekunden oder Minuten stattfindende) Reaktion des Immunsystems auf das Allergen. Es liegt daher eine sogenannte Typ-I-Allergie vor (Allergie vom Soforttyp).